本作是魔法少女奈葉系列首次以男性角色為主角的作品。背景設在新歷81年（即StrikerS的JS事件的6年之后,Soundstage X的瑪麗亞治事件的3年之后）,獨自一人周游世界的男主角托瑪·阿凡尼爾,在遺跡中與謎一般的少女莉莉·修特羅杰克相遇,之后二人又與艾希絲·伊古雷特偶然相遇;托瑪被卷入了包括“銀十字之書”和“蝕”在內的連串不幸的事件中……