故事發生在暗之書事件十年之后 奈葉、菲特和疾風都已經成為時空管理局的精英部隊,她們一同在機動六課工作 有一天,兩位新成員昴和迪亞娜的加入,拉開了新事件的開端。 她們在尋找圣遺結晶的過程中遭遇了神秘的無人戰斗機的襲擊 事件持續擴大,次元世界的全部都被卷入了進去……