零班編年史講述了主人公時雨在全市模擬考敗給鑄薔薇私立女子學院的安琳后又撿到安琳的學生證誤認為是在炫耀和挑釁。去后被無奈的逼做男子部的零班學生,遇見父親是集團董事長,母親也開公司的東少;一直是宅男的霍金：打架從不會輸的安鍵;除了是男的其它一概不知的紙箱君。從此發生了一系列事情......