20世紀產業革命的大躍進之后,受到地球資源日益枯竭影響的人類,開始向宇宙尋求新的生存空間。為了適應宇宙環境,人類開始了對人體的改造。結果誕生出來的,便是主人公日立出等擁有“S級遺傳基因”的人。脫離培養液后,日立出一行人被安放在選定的養父母身邊,在經過一定時間的撫養之后,通過選拔考試進行篩選,建成了S級遺傳基因兒童培養機關——學園都市格蘭茲艾雷(‘グランツェーレ都市學院)。為了讓“S級遺傳基因兒”成為真正的“S(ACE)” ……日立出和同伴們的校園生活開始了！