故事以架空設定的農學院為舞臺,講述一個東京農業大學的學生小文在學園里的日常生活。但是他擁有可以看見常人看不見的“菌”的特異體質,這種能力在小文所從事的領域簡直可以稱為“寶具”,引起騷動也在情理之中。作者用平緩的筆觸向我們展現了與我們人類共存的“菌世界”。