林太郎偶然中得到一張奇怪的游戲牌,這種叫“真.女神轉生”的游戲牌可讓牌的主人（牌之使者）召喚出牌之世界里的惡魔、天使、精靈,而林太郎得到的“NET WAP”則是召喚之門,是連接人界與牌之世界的接口。同時一個叫“索雷帝亞”的組織也在秘密召集所有的牌之使者,以便打開牌之世界與人界的通道,開創新的世界。為救回被索雷帝亞奪走的千惠的靈魂,林太郎和遇上的浩二、優香兩位牌之使者與索雷帝亞對抗。索雷帝亞通過誤導大眾,假借治療擁有“惡魔遺傳子”的青少年為名,把所有的牌之使者集中到彼岸島。林太郎和同是牌之使者的貴也行仁來到可凝聚人類之念力的彼岸島,阻止索雷帝亞的首腦彌勒寺未生將人類世界與牌之世界融合的企圖,而“夏福爾”研究所的所長藤開卻想趁機一舉殺掉所有的牌之使者。為了生存,眾人集中力量進行兩個世界的融合,開創新的世界....