父母雙亡的紅花百合子搬家到了父親工作過的小鎮,并在那里收到了父親生前從『神之代』寄出的一封信,里面只有一張奇怪的黑白格子卡片。為了調查離奇去世的父親的死因,百合子前往神之代并發現了一座氣派卻透露出不祥氣息的黑色鐘塔。隔日百合子向友人園町真彌與御葉紫詢問起黑色鐘塔,卻發現對方閃爍其詞,很快轉移了話題。父親的真正死因是什么？那張卡片究竟代表了什么？