《武裝中學生》的舞臺為2026年8月的富士演習場。在那里進行實戰訓練的私立東都防衛學院中等部三年級生,在最后一天參加了以“最終兵器研究”為主題的課外教學活動。但是在那里卻發生了一件動搖全日本的大事件,他們從此被大眾戲稱為“武裝中學生”。