公元2000年,巨型隕石墜落南極,引致天災四起,世界人口因此銳減一半。事隔15年,即2015年,人類正值復興之時,一種不明來歷的巨大戰鬥生命體「使徒」再度出現,不斷向人類重鎮第三新東京市進行襲擊。人類迎使徒的唯一希望就是特務機關NERV開發的汎用人型決戰兵器「福音戰士」(EVANGELION),但能勝任福音戰士駕駛員的人選,就只有幾個年僅十四歲的少年男女...