時值明治。 距離帝都遙遠的山口縣小村莊,發生一夜間遭全滅之事件。 陸軍特秘機關零武隊著手調查此一事件, 零武隊隊長之子日明天馬與友人帝月、琉璃男同時來到赤間關（現在的下關市）。 在這兒,他們看到的是——「不可能存在於這個世上的東西」！