本作的時間為西歷2074年,也就是前作3年后,世界依然在謎之生物“荒神”的威脅之下。作為芬里爾本部直屬研究機關“夫萊亞”所屬的特殊部隊“BLOOD”的一員,主人公來到了極東地域。在這里,因為最近開始下的謎之血雨而產生了狂暴化的“感應型荒神”,另外,這里的人們染上了一種不治之病……“黑蛛病”在這個被荒神蹂躪的世界,為了守護人們的幸福而戰斗的兵士們,他們各自的選擇將會帶來什么樣的命運？在這個沒有神的世界,沒有終結的戰斗再次打響了。