西元二零零一年由于異星起源種「ＢＥＴＡ」的入侵人類已經瀕臨滅亡的深淵——。自一九六七年初次遭遇以來已有三十余年。面對擁有龐大物量的ＢＥＴＡ,人類無計可施,節節敗退。歐亞大陸的95％淪陷,世界人口銳減到僅剩十余億。面對ＢＥＴＡ的入侵,以人形兵器「戰術機」為主干,日本帝國展開了防線,在下一代主力戰術機開發難產之際,帝國提出了一個打開局面的計劃——「ＸＦＪ計劃」。那是以日美兩國技術交流體制為基礎,用當前的主力戰術機「不知火」為藍本,「不知火?二型」的開發計劃——。