遙遠的未來。人類在荒廢的大地上建設了移動要塞都市“種植園”,并謳歌著文明。在那當中建造的駕駛員居住設施“米斯特汀”,通稱“鳥籠”。孩子們就住在那里。對外面的世界一無所知。對自由的天空一無所知。他們被告知的使命,只有戰斗而已。敵人是一切都被謎團覆蓋的巨大生命體“叫龍”。為了對抗尚未見過的敵人,孩子們乘上被稱為“FRANXX”的機器人。他們堅信,乘坐其中,就是對自己存在的證明。 有一位曾被稱作神童的少年。代號016。名字是廣。但他現在卻跌落谷底。是不被人需要的存在。如果沒有乘上FRANXX,就如同不存在一樣。在這樣的廣面前,某天,一位被稱作02的神秘少女出現了。她的額頭,長著兩根艷麗的角。