以由名為Sphere的系統管理日常生活的世界為舞臺,講述主人公們與威脅著系統的Siglos戰斗的故事。主人公和泉朔也本來是一名普通的高中生,因為經常上課遲到而被同學一之宮琴音說教。由于父母雙亡,他從上高中起,就和義妹和泉燈花過著同居生活。這時的他還不知道,支持著人們生活的Sphere系統正在面臨著巨大的威脅,而且能夠拯救世界的人正是自己。在被帶到Siglos對策局之后,和泉朔也被告知Sphere系統一直都遭受著來自Siglos的威脅。在Sphere內部世界對抗Siglos的正是琴音和燈花。